В центре сюжета находятся ассасины-близнецы Джейкоб и Иви Фрай, которые прибывают в Лондон, чтобы освободить город от власти тамплиеров. Для этого Джейкоб основывает собственную уличную банду под названием «Грачи» и начинает борьбу с «Висельниками», бандой, контролируемой тамплиерами. В тоже время Иви и глава ячейки ассасинов в Лондоне Генри Грин пытаются найти «Плащаницу Эдема», ещё один артефакт Предтеч, которую также хочет заполучить великий магистр Ордена тамплиеров Кроуфорд Старрик. По ходу игры главные герои встретят множество исторических личностей таких как: Чарльз Диккенс, Александр Грейам Белл, Чарльз Дарвин, Карл Маркс, Флоренс Найтингейл, Артур Конан Дойл, Бенджамин Дизраэли, Королева Виктория.