Первые окаменелости, среди которых был голотип PLV 2571, бедренная кость, нашёл в конце 1960-х годов Хосе Фернандо Бонапарте в формации Лагарсито, расположенной в провинции Сан-Луис, Патагония, Аргентина, которая датируется альбской эпохой. Из месторождения, названного Loma de Pterodaustro, площадью всего 50 м², было извлечено более 750 ископаемых образцов, 288 из которых не были каталогизированы до 2008 года. Это делает птеродаустро одним из самых хорошо изученных птерозавров, с образцами всех возрастных групп, от яиц до взрослых особей.
Название роду дал в 1969 году Хосе Бонапарте как ещё не описанному nomen nudum. Первое описание, сделавшее название валидным, последовало в 1970 году. Типовым и единственным видом Бонапарте назначил Pterodaustro guiñazui. Название рода происходит от др.-греч. πτερόν — крыло и лат. auster — южный (ветер). Морфемы объединены по правилам испанского словообразования в сжатое pteron de austro — крыло с юга. Видовое название дано в честь палеонтолога Романа Гиньязу (Román Guiñazú). Оно было исправлено Петером Велльнхофером в 1978 году, поскольку диакритические знаки не допускаются в названиях видов.
Название роду дал в 1969 году Хосе Бонапарте как ещё не описанному nomen nudum. Первое описание, сделавшее название валидным, последовало в 1970 году. Типовым и единственным видом Бонапарте назначил Pterodaustro guiñazui. Название рода происходит от др.-греч. πτερόν — крыло и лат. auster — южный (ветер). Морфемы объединены по правилам испанского словообразования в сжатое pteron de austro — крыло с юга. Видовое название дано в честь палеонтолога Романа Гиньязу (Román Guiñazú). Оно было исправлено Петером Велльнхофером в 1978 году, поскольку диакритические знаки не допускаются в названиях видов.